IDENTIFIKASI BAKTERI PATOGEN PADA TELUR PENYU BELIMBING (DERMOCHELYS CORIACEA) ASAL PANTAI LAMPUUK, ACEH BESAR BERDASARKAN GEN 16S RRNA | ELECTRONIC THESES AND DISSERTATION

Electronic Theses and Dissertation

Universitas Syiah Kuala

    SKRIPSI

IDENTIFIKASI BAKTERI PATOGEN PADA TELUR PENYU BELIMBING (DERMOCHELYS CORIACEA) ASAL PANTAI LAMPUUK, ACEH BESAR BERDASARKAN GEN 16S RRNA


Pengarang

NEVA NAZILA AMINI - Personal Name;

Dosen Pembimbing

Wahyu Eka Sari - 198812232018032001 - Dosen Pembimbing I
Amalia Sutriana - 197208121998022001 - Dosen Pembimbing II
Abdul Harris - 195704071989031002 - Penguji
Al Azhar - 196902181994031003 - Penguji



Nomor Pokok Mahasiswa

1602101010203

Fakultas & Prodi

Fakultas Kedokteran Hewan / Pendidikan Kedokteran Hewan (S1) / PDDIKTI : 54261

Penerbit

Banda Aceh : Fakultas Kedokteran Hewan., 2021

Bahasa

Indonesia

No Classification

636.089 692

Literature Searching Service

Hard copy atau foto copy dari buku ini dapat diberikan dengan syarat ketentuan berlaku, jika berminat, silahkan hubungi via telegram (Chat Services LSS)

IDENTIFIKASI BAKTERI PATOGEN PADA TELUR PENYU BELIMBING (Dermochelys coriacea) ASAL PANTAI LAMPUUK, ACEH BESAR BERDASARKAN
GEN 16S rRNA


ABSTRAK

Penyu belimbing merupakan salah satu spesies penyu yang umum dijumpai dan juga bertelur di Pantai Lampuuk, Kecamatan Lhoknga, Kabupaten Aceh Besar. Populasi penyu belimbing di Indonesia cenderung menurun. Salah satu faktor yang menyebabkan keberadaan penyu terancam punah adalah telur penyu gagal menetas yang diakibatkan adanya kontaminasi oleh bakteri. Penelitian ini bertujuan mengisolasi dan mengidentifikasi bakteri patogen yang terdapat pada telur penyu belimbing (Dermochelys coriacea) berdasarkan gen 16S rRNA. Sebanyak empat sampel dari cangkang telur penyu yang gagal dan empat sampel dari cangkang telur yang berhasil menetas diambil dan ditanam pada media Nutrient Agar (NA) selama 24 jam dan diinkubasi pada suhu 37oC kemudian dilakukan pewarnaan Gram dan dilanjutkan dengan penanaman pada media agar darah untuk dilakukan uji hemolisis. Selanjutnya dilakukan identifikasi molekuler gen 16S rRNA untuk mengetahui spesies bakteri tersebut. Data dianalisis secara deskriptif. Sebanyak lima koloni bakteri asal cangkang telur penyu belimbing berhasil diisolasi dan dipurifikasi dengan baik dimedia NA yang terdiri dari dua bakteri Gram negatif isolat PBA 1 dan PBA 2, dan tiga bakteri Gram positif yaitu dengan kode isolat PBA 3, PBA 4 dan PBA 5. Berdasarkan hasil uji hemolisis, kelima isolat bakteri tersebut tidak dapat menghemolisis darah. DNA bakteri PBA 1 dan PBA 2 berhasil diisolasi dan diamplifikasi menggunakan polymerase chain reaction (PCR) dengan target pita DNA ~1400 pb. Kemudian dari hasil analisis menggunakan BLASTN dan konstruksi pohon filogenetik isolat PBA 1 dan PBA 2 merupakan jenis bakteri yang berbeda. Isolat PBA 1 memiliki kemiripan dengan Acinetobacter baumannii dengan persen kemiripan 98.64% sedangkan isolat PBA 2 memiliki kemiripan dengan Enterobacter kobei dengan persen kemiripan 97.82%, kedua dari bakteri tersebut merupakan kelompok bakteri Enterobacteriaceae yang bersifat patogen oportunistik. Dapat disimpulkan bahwa pada penelitian ini tidak ditemukan adanya bakteri patogen pada cangkang telur penyu belimbing yang gagal maupun berhasil menetas.
Kata kunci: Isolasi, cangkang telur, penyu belimbing, polymerase chain reaction (PCR)

IDENTIFICATION OF PATHOGENIC BACTERIA FROM EGGS OF LEATHERBACK SEA TURTLE (Dermochelys coriacea) IN PANTAI LAMPUUK, ACEH BESAR USING 16S rRNA GENE ABSTRACT The leatherback turtle is one of the most common turtle species found and also lays eggs on Lampuuk Beach, Lhoknga District, Aceh Besar District. The leatherback turtle population in Indonesia tends to decline. One of the factors that cause the existence of turtles to be threatened is the turtle eggs fail to hatch due to contamination by bacteria. This study aims to isolate and identify pathogenic bacteria found in leatherback turtle eggs (Dermochelys coriacea) based on the 16S rRNA gene. Four eggshell samples that failed and successfully hatched were cultured on Nutrient Agar (NA) media for 24 hours and incubated at 37oC. The Gram staining was then performed and continued with inoculating the samples on blood agar media for hemolysis test. Molecular identification of the 16S rRNA gene was also carried out to determine the bacterial species.The data were analyzed descriptively. A total of five bacterial colonies from leatherback turtle eggshells were successfully isolated and well purified in NA media consisting of two Gram-negative bacteria with isolate codes PBA 1 and PBA 2, and three Gram-positive bacteria isolate codes PBA 3, PBA 4, and PBA 5. Based on hemolysis test, the five bacterial isolates were unable to hemolyze blood. DNA of PBA 1 and PBA 2 bacteria were isolated and amplified using polymerase chain reaction (PCR) with a DNA band of target ~1400 bp. Based on analysis using BLASTN and phylogenetic tree construction showed that, PBA 1 and PBA 2 isolates were different types of bacteria. PBA 1 isolates had similarities with Acinetobacter baumannii with 98.64% similarity, while PBA 2 isolates had similarities with Enterobacter kobei with 97.82% similarity. Acinetobacter baumannii and Enterobacter kobei are a group of Enterobacteriaceae considered as opportunistic pathogens. It can be concluded that in this study no pathogenic bacteria were found in the egg shells of leatherback turtles that failed or succeeded in hatching. Keywords: Isolation, eggshell, leatherback turtle, polymerase chain reaction (PCR)

Citation



    SERVICES DESK