Identifikasi organisme dan taxonomi yang pada awalnya hanya berdasarkan karakter morfologi saat ini telah berkembang kearah molecular taxonomy, dimana pengelompokan dilakukan berdasarkan kemiripan gen yang dimiliki organisme. Metode ini dikenal sebagai DNA barcoding, yaitu metode yang mengambil gen dengan karakteristik tertentu yang digunakan sebagai ¬¬barcode. Untuk kelompok hewan, gen mitokondria COI telah ditetapkan sebagai barcode universal bagi semua kelompok hewan sedangkan untuk tumbuhan saat ini kandidat barcode yang sedang diteliti adalah gen kloroplas, khususnya gen matK dan rbcL. Namun, barcode yang telah ada saat ini tidak bisa dipakai bagi tumbuhan secara universal, karena adanya keragaman yang sangat tinggi pada tumbuhan. Penelitian ini ditujukan untuk membandingkan kandidat yang paling layak diantara gen kloroplas matK, rbcL dan gabungan keduanya untuk menjadi barcode tumbuhan dikotil. Setiap gen dinilai dengan tiga parameter, yaitu intra- dan inter-spesific divergences, GC-content dan DNA polymorphism. Wilcoxon signed-rank test juga dilakukan untuk melihat kandidat mana yang memiliki mean intra- dan inter-spesific divergences tertinggi. Hasil analisis menunjukkan bahwa matK paling layak menjadi barcode tumbuhan dikotil. matK memiliki distribusi intra- dan inter-spesific divergences serta DNA polymorphism paling tinggi sedangkan persentase GC-content¬-nya paling rendah dibandingkan rbcL dan matK+rbcL